新沂卫校设有：临床医学系、护理系、口腔医学系、中医与药学系四个系，共有临床医学、护理、助产、口腔医学、中医学、医学检验技术、医学影像技术、药学、卫生信息管理、康复治疗技术、医学美容技术、视觉训练与康复、药膳与食疗、运动健康指导等14个专业，面向全国各省市招生。

       多年来学校一直坚持实施“学历+职业技能证书”双证书培养模式，坚持“一条主线、两个强化、三个突出、四种能力”的全新培养模式：以培养技能应用型人才为主线，强化学生的英语水平和计算机应用能力，突出岗位针对性、行业适应性、专业特色性，培养学生的动手能力、协作能力、创新能力和创业能力。